В фильме Чужой 3 повествование начинается с катастрофы спасательной капсулы, в которой Эллен Рипли оказывается единственной выжившей после событий предыдущей части. Ее корабль терпит крушение на отдаленной пустынной планете Фьорина 161, которая служит исправительной колонией для опасных преступников. Местное население состоит исключительно из мужчин, давно отрезанных от цивилизации и живущих по суровым религиозным законам.
Чужой 3 рассказывает о новой смертельной угрозе, которая прибыла вместе с обломками корабля. Лицехват, уцелевший на борту, дает начало новому Чужому, который начинает охоту на обитателей тюрьмы. Рипли, зная природу этой угрозы, вынуждена объединиться с группой заключенных и немногочисленным персоналом колонии, чтобы противостоять практически невидимому в индустриальных лабиринтах убийце. В ходе этой борьбы она делает шокирующее открытие о собственном организме, которое ставит под вопрос не только ее выживание, но и судьбу всего человечества, делая личную трагедию Рипли частью глобальной космической угрозы.